دانشگاه آزاد اسلامی با عنایت به نوع سیستم آموزشی و اداری منحصر به فرد الزاماً دارای سیستم مدیریتی بسیار پیچیده و موثرتری نسبت به سایر مراكز می‌باشد. نیاز روزافزون به ساخت و ایجاد فضاهای آموزشی و جذب نیروی متخصص به عنوان مهم‌ترین عوامل توسعه هر مؤسسه‌ی آموزشی، تلاش بسیاری از طرف مسئولین و علی‌الخصوص رئیس واحدهای دانشگاه می‌طلبد. همچنین سیستم مالی دانشگاه آزاد اسلامی به‌لحاظ اینكه هر واحد تقریبا بایستی به‌صورت مستقل منابع مالی را جذب و رأساً در چارچوب آئین‌نامه‌های سازمان مركزی و با مسئولیت مستقیم ریاست واحد هزینه نماید، باعث گردیده نقش رئیس واحد در این دانشگاه برجسته‌تر گردد.

   از سایر وظایف رئیس واحد، تهیه و تدوین بودجه در چارچوب برنامه‌های كوتاه مدت، میان مدت و بلند مدت تدوین شده از طرف سازمان مركزی دانشگاه آزاد اسلامی و نظارت مستقیم بر اجرای بودجه می‌باشد كه به‌لحاظ محدود بودن منابع درآمدی، بایستی دقت بسیار بالایی در این بخش صورت گیرد. اُمور فوق و سایر فعالیت‌های واحد توسط معاونت‌ها و حوزه‌های ذیل و زیر نظر ریاست واحد صورت می‌پذیرد:

     1) معاونت علمی
     2) معاونت توسعه و مدیریت منابع 
     3) معاونت دانشجویی و فرهنگی 
     4) معاونت عمران 
     5) حوزه‌ی حراست

   ریاست دانشگاه آزاد اسلامی سبزوار از ابتدای تأسیس به ترتیب بر عهده‌ی آقایان سیّد محمود صانعی (از سال 1363 تا 1378)، دكتر احمد مظفری (از سال 1378 تا 1381) ، دكتر محمدرضا ارشادی‌نیا (از سال 1381 تا 1384)، دكتر محمدرضا سعیدی اصل (از سال 1384 تا 1391 و از سال 1393 تا 1400) و دكتر محمود غفوری‌نژاد (از سال 1391 تا 1393) بوده كه هر یك تلاش بسیار زیادی را در راه پیشبرد اهداف عالیه‌ی نظام و توسعه‌ی این واحد متحمل گردیده‌اند و در حال حاضر نیز دكتر قاسم قاسمی، تصدی پست ریاست واحد را بر عهده دارد.